나이트메어 3: 꿈의 전사여고생 크리스턴 파커는 악몽에 시달리다 다시 정신 병원에까지 입원한다. 그곳에는 그녀와 같이 악몽으로 잠을 두려워하는 아이들이 치료를 받고 있는 중이다. 악몽 전문가로 성장한 낸시가 이들 학생들을 보살핀다. 그녀는 악몽으로 괴로움을 받는 크리스턴을 꿈 속으로 들어가 구출해 내기도 하는데, 낸시는 크리스턴이 꿈 속에서 잠이 든 다른 사람을 끌여들일 수 있는 능력이 있음을 알고 이것을 이용하기로 한다. 이들의 담당의사인 닐 고든 박사와 함께 크리스턴을 비롯 악몽에 시달리는 필립, 킨케이트, 제니퍼, 조이, 타린 등과 함께 그룹을 조성하여 꿈 속에 동참한다. 그러나 쿠루거에 의해 필립이 건물에서 투신하고, 제니퍼가 텔레비젼 브라운관에 머리를 부딪치는 등 비참하게 죽게 된다. 결국 닐 박사의 최면술을 이용, 이들은 모두 크리스턴의 꿈속으로 들어간다. 하지만 조이가 간호원으로 변장한 쿠루거에 의해 잡혀 혼수상태에 빠지고 만다. 이때 악몽의 원인을 찾던 닐 박사는 과거 정신 병원이었던 곳에서 전부터 환영처럼 보이던 수녀 복장을 한 의문의 여인을 만난다. 그녀는 메리 헬레나라고 하는 수녀로서, 닐 박사에게 프레드 쿠루거에 대한 모든 비밀을 알려준다. 40여 년 전 아만다 쿠르거라는 한 소녀가 우연히 그곳 정신수용소에 갖혀 수용자들로부터 강간을 당한 뒤, 프레디를 낳게 된다. 그는 수백명의 정신병자의 사생아로서, 후에 살해됐다고 추정하지만 시체가 발견되지 않았다고 한다. 그리고 마지막으로 그가 쉴 수 있도록 성스러운 땅에 묻어달라는 부탁을 받는다. 닐 박사는 프레디의 유품을 숨긴 낸시의 아버지를 설득하여 함께 자동차 폐차장에서 프레디의 유골을 찾아낸다. 한편 낸시는 조이를 구하고자 아이들과 함께 꿈속으로 진입하여 프레디와 한판 격전을 벌이지만 꿈에서 실현할 수 있는 아이들의 무한한 상상력으로도 그를 당해낼 수 없어 낸시는 죽게되는데...
