미드나잇 미트 트레인도시를 찍는 뉴욕의 젊은 사진작가 레온은 유명한 아트 갤러리스트(브룩 쉴즈)의 관심을 얻어 화랑 데뷔를 앞두고 있지만, 그녀는 레온에게 좀 더 리얼한 사진을 찍어오라고 요구한다. 그러던 중, 우연히 지하철에서 한 남자를 찍게 되고 그 다음날 그와 함께 있던 사람들의 실종 소식을 접하게 된다. 알 수 없는 강한 이끌림으로 그 남자의 숨겨진 실체를 자신의 카메라에 담고 싶은 욕망에 휩싸인 레온은 그를 추적하게되고, 결국 그 남자가 매일 새벽 2시 6분, 같은 지하철을 타고 가장 완벽한 육체만을 골라 살인을 하며, 그것을 어디론가 배달을 하고 있다는 사실을 알아낸다. 하지만, 경찰도 여자친구도 그의 말을 믿어주지 않는데… 결국, 레온은 이 연쇄살인을 막기 위해 새벽 2시 6분 행, 지하철에 타기로 결심한다. 과연, 그 남자는 누구일까? 그는 그것을 어디로 배달하고 있는 것일까?
